Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 


ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

софт для МС/МС спектров >>>

  Ответов в этой теме: 34
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: софт для МС/МС спектров
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

27.01.2013 // 2:49:39     
Редактировано 1 раз(а)

Коллеги

не подскажите какой софт может помочь в решении такой задачи: есть МС/МС спектр и есть предполагаемая структура (считаем мол вес до 500 и известен точно (<1 ppm), спектры low energy CID, массы фрагментов меряем < 5 ppm). Может ли софт найти фрагменты в структуре? Понятно что можно и с калькулятором вручную для пары спектров, но когда таких спектров 100...

Не ставится задача идентифицровать вещество, поиск по библиотеке делать не надо (вещества там нет). Нужно тупо и быстро найти в структуре 10-20 фрагментов (ну или сколько выйдет) по массам в спектре. За достоверность корреляции софт ответственности не несет, совпадения расчетной и эксп массы (с заданной точностью) достаточно.

Да, в спектре могут быть пики не относящиеся к фрагментированному прекурсору (типа, хим фон), но это тоже наша печаль, не софта.
ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
virtu
VIP Member
Ранг: 2130


27.01.2013 // 17:21:30     
Вы уверены, что в Вашем программном комплексе нет такого софта? Даже в относительно старом софте такая фишка есть, правда, часто в ручном режиме, а вот в современном софте есть уже авто (типа smart formula 3D, Bruker).

Сам не юзал, но попробуйте:

1. mzmine.sourceforge.net/index.shtml

2. bio.informatik.uni-jena.de/sirius/index.html
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


27.01.2013 // 18:04:42     
Редактировано 1 раз(а)

В моем к сожаления нету, может есть какие extensions, с этим разбираемся (не так просто, оказывается)

mzmine вообще не работает с МС/МС и не коррелирует их со структурами. metlin коррелирует спектры с датабазой структур, но как создать датабазу из одной структуры и как этим всем управлять не понятно. Разбираемся.

sirius пытается интерепретировать спектры де ново и строить деревья, но в наших руках работает криво и медленно, увы. К тому же невозможно дать ему структуру в каком то формате и принудить в нее смотреть. Софт сильно берет в голову изотопное распределение (которое на орбитрэпах довольно кривое) и не понимает что в МС/МС есть бэкграунд который надо игнорировать, в результате тратит дикое время ни на что.

За Брукер спасибо, сейчас полезу смотреть
virtu
VIP Member
Ранг: 2130


27.01.2013 // 20:26:17     
Редактировано 1 раз(а)


Spectrometrist пишет:
В моем к сожаления нету, может есть какие extensions, с этим разбираемся (не так просто, оказывается)
Смотря чей софт, бывает, данную функцию выносят в аддон из-за длинных и загребущих рук


Spectrometrist пишет:
mzmine вообще не работает с МС/МС и не коррелирует их со структурами.
pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac3000418. Пишут, что доступно.


Spectrometrist пишет:
За Брукер спасибо, сейчас полезу смотреть
Не за что, но софт проприетарный, плюс идет в программном комплексе. Но, если что, могу скинуть
virtu
VIP Member
Ранг: 2130


27.01.2013 // 20:39:48     
Редактировано 1 раз(а)


Spectrometrist пишет:
К тому же невозможно дать ему структуру в каком то формате и принудить в нее смотреть.
Неправильно Вас понял, подумал, что Вам просто СxHyOz надо с учетом условий, а "додумывать" Вы уже самостоятельно. Если Вам надо еще структуру прилепить, то где-то видел, проприетарный правда, софт, который это делает, надо в сети поискать.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


28.01.2013 // 3:01:41     
mzmine (extension как в статье) корректирует элементный состав по МС/МС. Т.е. типа если массе измеренной с такой то точностью отвечают, например, 10 элементных составов, МС/МС выберет 1 и самый правильный. Это круто, но не то что мне надо (как вы правильно заметили)

Т.е. посчитать элементный состав фрагмента проблемы нет (с ппм-ной то точностью, относительно мелкими массами и еще зная с чем мы в принципе имеем дело). Но вот подыскивать а что же это за фрагмент (а ведь может и нет такого, если пик из фона) вот это хотелось бы "облЕгчить'" (с)

Спасибо за наводку, вроде Брукер это может. Поговорю с Брукерами за демо, или отловлю какого Брукеровского юзера в наших дальних е...ях (с).
Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
ГХ-МС Varian 320-MS GC/MS ГХ-МС Varian 320-MS GC/MS
Тройной квадроуполь с ГХ Varian 450 GC. EI, PCI и NCI.
[ Информация из каталога оборудования ANCHEM.RU ]
virtu
VIP Member
Ранг: 2130


28.01.2013 // 15:22:51     

Spectrometrist пишет:

Спасибо за наводку, вроде Брукер это может. Поговорю с Брукерами за демо, или отловлю какого Брукеровского юзера в наших дальних е...ях (с).

Боюсь в этот софт структуры не прилепить (т.е. корреляции со структурой нет), плюс он обращает пристальное внимание на изотопные пики (особенность алгоритма), плюс он будет еще прекурсор искать, а у Вас, как понял, на масс-спеке его нет.
Все идет к тому, что придется "ручками" - рисуете структурку в Chemsketch/ACD и - глаза боятся, а руки...

Посмотрите еще:
littlemsandsailing.wordpress.com/2012/05/23/in-silico-msms-fragmentation/

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


28.01.2013 // 15:50:30     
Из app notes что на сайте Брукера вроде можно понять что можно (но как туда структуру вводить непонятно), я все таки их (Брукеров) поспрошаю. Ручками - ну да:

Ich komme schon durch manches Land
avec que la marmotte... (С)
за линк спасибо, буду изучать
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


29.01.2013 // 13:56:55     
Кто нибудь работал с Mass Frontier (Thermo)? Из того что есть в литературе не понятно будет она в таком режиме работать и нужны ли ей корректные изотопы?

Не потому что я изотопы не люблю или они у меня уж совсем кривые, но если я на МС/МС окошко селекции так на 4 Да раскрою, бэкграунд сильно увеличивается.
virtu
VIP Member
Ранг: 2130


30.01.2013 // 17:25:45     
Редактировано 1 раз(а)


Spectrometrist пишет:
Кто нибудь работал с Mass Frontier (Thermo)? Из того что есть в литературе не понятно будет она в таком режиме работать и нужны ли ей корректные изотопы?
Проще с дэмкой поиграть, кстати, по-быстрому не нашел ссылок на скачивание (7.0). Если найдете рабочую - скиньте плиз.

А софт, как раз то, что Вам нужно (сурок сможет отдохнуть ). Вообще, по описанию, очень приличный софт, наверно о нем и писал выше, т.к. такого функционала больше нигде не встречал. Плохо (для нас ), что не open source/free .
ATem
Пользователь
Ранг: 643


30.01.2013 // 19:55:51     
Добрый вечер!
Господа, пожалуйста, дайте адреса электронной почты, я сброшу Вам mass frontier. Только проблема в том, что "вскрыть" его еще понадобится. Ключ генерируется очень, очень хитро, на разных компьютерах он хочет разные ключи.
В свою очередь буду признателен за программу для работы с хроматограммами, в которой можно работать как в LC Solution от Шимадзу. Не нравится мне что для обработки данных придется делать целый метод в процессинге... Неудобно...

  Ответов в этой теме: 34
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

Ответ на тему


ААС, ИСП-АЭС, ИСП-МС - прямые поставки в 2022 году

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]


ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2022
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты