Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Мнения о Micromass Q-TOF micro ESI >>>

  Ответов в этой теме: 24
  Страница: 1 2 3
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: Мнения о Micromass Q-TOF micro ESI
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727

13.05.2009 // 12:32:43     
Интересует сабж - вдруг кто практически сталкивался, естественно, главное - надежность и соответствие возможностей цене. Предложили нам его (б/у, пользовали его немного) дешевле 80 тыс. евров, вот сейчас и думаем - все-таки не копеечный дивайс.
Нужен он нам для протеомики, хотим сделать параллельный ввод образцов после хроматографии в ESI и ИСП-МС.
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


13.05.2009 // 19:09:53     
Я непосредственно именно с micro дела не имел, но 80 тыс за Q-TOF представляются очень реальной цифрой. Если вам не идти в high-end proteomics, вполне машина послужит. У дивайса наверное разрешение будет 5,000-6,000 FWHM (поскольку он bench-top), но для рутинной работы это вполне реальная цифра.

Из описания я не понял, вы пойдете за белками или пептидами - если пептиды, должно вполне хватить. В принципе ничего крамольного за Micromass машинами не водилось, разве что нарветесь на неудачный экземпляр. Если он юзанный, то риск меньше, конечно.

Вообще из того что я слышал, вполне себе рабочая лошадка. Например, для core facility самое оно.
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


13.05.2009 // 19:40:25     
Спасибо за информацию.
Машинку берем для белков - диапазоны масс, увы, весьма разнообразные, задача - одновременная детекция элементсодержащих белков ESI и ИСП-МС. Работа чисто исследовательская.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


13.05.2009 // 20:02:37     
Редактировано 1 раз(а)


bf109xxl пишет:

Машинку берем для белков - диапазоны масс, увы, весьма разнообразные, задача - одновременная детекция элементсодержащих белков ESI и ИСП-МС. Работа чисто исследовательская.


Тогда это не очень хорошо. Проблема в том что 5,000 разрешения это мало(вато) для белков, т.е. массы вы будете мерить без проблем, но особенно со смесями (т.е. у вас 5-6 молекулярных форм ко-элюирующихся, а то и несколько разных белов) чем больше разрешение тем лучше. Всегда есть пара метионинов которые окислятся, truncated forms (обгрызенные с С-конца сплошь и рядом), дезамидированные по паре остатков, и т.д. Плюс обычные натриевые / калиевые кластеры. В общем, разрешение никогда не мешало.

Мы много гоняли эксрессированные белки в чисто сервисных целях, и что не получалось на квадруполе (низкое разрешение), немедленно шло на Q-TOF, 12,000 (реальных) было большим подспорьем. Здесь же у вас будет 5-6, а то и меньше. ИМХО, с белками за 25,000 Да намучаетесь. Для "малышей" до миоглобина (17,000 Да) все будет прилично работать
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


14.05.2009 // 13:15:52     

Spectrometrist пишет:
Тогда это не очень хорошо.
Я, честно говоря, так и думал с самого начала. Но другой машинки нам не светит - или эту, или никакую. В принципе, основные интересующие нас в данный момент объекты имеют массу где-то до 25 кДа. Для более высоких масс, вроде как, есть протоколы с многозарядными ионами. По крайней мере, на этой машинке уже делали что-то такое. Насколько подобные методы могут быть геморройны?
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


14.05.2009 // 17:30:22     
Конечно, здесь речь везде о многозарядных ионах. Макс. заряд, грубо, считайте 1 заряд на кДа, и будете видеть 5-15 зарядовых состояний, на вскидку. Поэтому то разрешение и помогает, ведь все пики будут "набиты" в диапазон 1000 - 2000 а.е.м.
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Лаборатория растровой электронной микроскопии ГЕОХИ РАН Лаборатория растровой электронной микроскопии ГЕОХИ РАН
Выполняет заказные работы по исследованию материалов методом растровой электронной микроскопии с помощью высокоразрешающего (до 1 нм) растрового электронного микроскопа.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


14.05.2009 // 17:38:33     
Редактировано 2 раз(а)

Data acquisition вообще простое, машине все равно чего мерить. Проблемы с интерепретацией точных "deconvoluted" масс. Например, когда даже для экспрессированного белка масса не соответсвует расчетной и разница масс не имеет понятного смысла. Типа, если есть пик М+16, то можно не переживать и белок идет дальше в кристаллизацию; а что делать если видим М+20 : это М+16 неразрешилась с М+22 и тогда все ОК, или вранье в сиквенсе экспрессируемой плазмиды - тогда это ж....па и попадалово.

Но, еще раз, весь мой опыт на intact protein masses это сервис для кристаллографов и всяческих bioassays, в top-down proteomics требования могут быть и сильно другими, врать не буду.
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


14.05.2009 // 18:07:01     
Редактировано 1 раз(а)

Ясно. Еще раз спасибо за информацию.
Pavel
Пользователь
Ранг: 81


14.05.2009 // 21:47:08     
Редактировано 1 раз(а)

По поводу надежности: насколько я знаю Waters относится негативно к людям купившим б/у прибор на вторичном рынке, поэтому техподдержку возможно тоже придется искать на стороне. Из регулярных процедур, нужно будет заменят стереющий раз в 1-2 года MCP. Конкретно с этой моделью не работал, но в целом по поводу железа нареканий нет. Переодически могут возникать глюки в коммуникации между внутренним и внешним компьютером и софтом, они обычно не смертельные, но нужно уметь их решать. Если прибор соответствует спецификации, то разрешения 6000 должно хватать для работы с белками < 30 кДа. Может быть мне везло, но мне оба раза попадались приборы, которые превосходили спецификацию. Посмотрел сейчас старые данные, при заявленном разрешении 10000 (реально 11-12000) на уровне 50 % от высоты пика после MaxEnt деконволюции разделяются окисленные формы (+16) тяжелой цепи антител, то есть около 51 кДа.
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


15.05.2009 // 1:43:14     

Pavel пишет:
Waters относится негативно к людям купившим б/у прибор на вторичном рынке
Ну, думаю, этот вопрос мы сможем урегулировать.

деконволюции
"Нет спейса на дивайсе".

Большое спасибо за информацию!
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


15.05.2009 // 9:24:00     
Редактировано 1 раз(а)

Только сейчас понял в постановке задачи есть что то странное.

А зачем вам вообще Q-TOF, т.е. тандемная машина? Если работать с белками (т.е. не надо фрагментировать пептиды?!), то ESI TOF будет просто лучшим вариантом:

а) дешевле; б) проще; в) нет ограничения на m/z (в Q-TOF не все "пролезет" через аналитический квадруполь и collision cell даже в RF-mode!).

Делать MS/MS многозарядных белковых прекерсоров на разрешении bench-top'a v 5,000 дело заведомо бесполезное, т.е. если нет палнов заводить белковую химию, идти до пептидов, их фрагментировать и анализировать MS/MS спектры, вы тандемной опцией и пользоваться не будете.

ESI TOF делает тот же Waters, да наверняка и еще кто нибудь. Да и на вторичном рынке они должны быть 100%, приборы такие уже очень давно делают.

  Ответов в этой теме: 24
  Страница: 1 2 3
  «« назад || далее »»

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты