Форумы ANCHEM.RU: Программы для просмотра масс-спектров в формате RAW?

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Программы для просмотра масс-спектров в формате RAW? >>>

  Ответов в этой теме: 16
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Программы для просмотра масс-спектров в формате RAW?

vik15
Пользователь
Ранг: 58

30.01.2008 // 9:46:33

Уважаемые коллеги, подскажите пожалуйста. Возникла такая ситуация, нам наснимали масс-спектров на приборе Thermo, оператор спектры копировал в Word и в таком виде сохранял, еще нам дали raw файлы. Возможно ли на стороннем компьютере где нет Xcalibur их просмотреть и с помощью каких программ. Нашли несколько конвертеров типа ReAdW в формат mzXML и просмотрщики для этого формата, но они работают только если есть установленный Xcalibur. Спектров много, оператор занят и не может их расписывать под наши нужды, есть ли выход?

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Lgosn
Пользователь
Ранг: 93

30.01.2008 // 10:09:26

С этим Xcalibur, вообще шило, у меня тоже было несколько спектров в этом формате, да еще и эта програмулина в придачу, но так и не смог с ней разобраться. Если в остальных программах по просмотру и анализу спектров все относительно просто и доступно. То там что-то накручено, эти спектры так и лежат без дела.

lostbyte
Пользователь
Ранг: 166

30.01.2008 // 11:57:04

Редактировано 1 раз(а)

В Xcalibur встроен штатный конвертер, который может выдавать, например, ANDI (*.cdf) файлики, читаемые много чем (например AMDISом, который идет с базой NIST). Отконвертировать-дело одной минуты. Lgosn, может быть вы не очень разобрались в программе, но Xcalibur мне показался удобнее многих других. Особенно версия 1.4, в которой убрали несколько сильно раздражающих ошибок.

vik15
Пользователь
Ранг: 58

30.01.2008 // 17:49:57

lostbyte пишет:
В Xcalibur встроен штатный конвертер, который может выдавать, например, ANDI (*.cdf) файлики, читаемые много чем (например AMDISом, который идет с базой NIST). Отконвертировать-дело одной минуты. Lgosn, может быть вы не очень разобрались в программе, но Xcalibur мне показался удобнее многих других. Особенно версия 1.4, в которой убрали несколько сильно раздражающих ошибок.

Уважаемый Lostbyte, а не подскажете где и как в Xcalibur пользоваться штатным конвертером. Оператор говорит, что не знает про конвертер, молодой человек, опыта еще мало, наверно ему не требовалось в другие форматы записывать раньше.

lostbyte
Пользователь
Ранг: 166

30.01.2008 // 18:22:53

Roadmap View (открывается при запуске Xcaliburа)->Tools->File Converter. Выставить Source data type *.raw, Destination data type *.cdf, указать путь к файлам, выбрать нужные, Add Job(s), Convert.

Vladimir_U
Пользователь
Ранг: 111

31.01.2008 // 9:12:26

Редактировано 1 раз(а)

lostbyte пишет:
В Xcalibur встроен штатный конвертер, который может выдавать, например, ANDI (*.cdf) файлики, читаемые много чем (например AMDISом, который идет с базой NIST)....

AMDIS и сам может прекрасно читать и обрабатывать *.raw файлы, а также искать в библиотеке NIST. Мы планируем на своем сайте разместить статью с условным названием "КАК РАБОТАТЬ В AMDIS". Основа статьи в принципе готова, но надо кое-что подправить.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

АВТех
Компания успешно работает на рынке с 1991 года и имеет большой опыт технологического сопровождения как классических клинических и лабораторных методов исследования и промышленного производства, так и создания и внедрения оригинальных методик.

lostbyte
Пользователь
Ранг: 166

31.01.2008 // 10:41:01

Редактировано 1 раз(а)

Статья по использованию AMDIS будет напечатана в ближайших номерах "Масс-спектрометрии" (я так понимаю, что она как раз из вашей организации пришла). Со своей стороны хочу сказать, что AMDISом мы пользуемся постоянно для расчета RI, и у нас были проблемы с чтением файлов Xcaliburа, поэтому пользуемся конвертером.

Lgosn
Пользователь
Ранг: 93

01.02.2008 // 11:04:48

lostbyte пишет:
В Xcalibur встроен штатный конвертер, который может выдавать, например, ANDI (*.cdf) файлики, читаемые много чем (например AMDISом, который идет с базой NIST). Отконвертировать-дело одной минуты. Lgosn, может быть вы не очень разобрались в программе, но Xcalibur мне показался удобнее многих других. Особенно версия 1.4, в которой убрали несколько сильно раздражающих ошибок.

Да я не спорю, может быть действительно удобная програма, только с ходу разобраться в ней сложно.

Lgosn
Пользователь
Ранг: 93

01.02.2008 // 11:06:05

Я так и не смог как можно сделать выборку по одному иону или нескольким ионам. Может вы посоветуте в двух словах.

lostbyte
Пользователь
Ранг: 166

01.02.2008 // 11:16:31

Редактировано 1 раз(а)

Qual Browser (ну это вообщем понятно

)
1. Если нужен TIC, то по активной (кнопочка на зеленом фоне) хроматограмме правой кнопкой, в выпавшем меню Ranges..., ставите еще одну галку и указываете диапазон масс.
2. Если TIC не нужен, то при активной хроматограмме просто щелкаете мышкой по пику или выделяете диапазон на спектре.
А вообще там в хелпе есть раздел How do I...? И он весьма полезен.

Lgosn
Пользователь
Ранг: 93

02.02.2008 // 9:24:45

Бошьшое спасибо, дело сдвинулось с мертвой точки, осталось только найти как площадь пиков посчитать.


Ответов в этой теме: 16 Страница: 1 2 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты