| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
Количественная ТСХ >>>
|
 |
| Автор | Тема: Количественная ТСХ | ||
|
dev Пользователь Ранг: 29 |
 06.04.2007 // 23:03:15
Ребята, подскажите пожалуйста прирнцип расчета ТСХ-хроматограмм на основе изображений пластин, снятых со сканера. Другими словами: с помощью каких формул расчитывать сигнал на базе возвращаемых (программно) rgb-цветов областей пятен и фона трека? Если есть какие либо ресурсы в Сети по этому вопросу - ткните носом - буду признателен! |
||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|||
|
Slawa Пользователь Ранг: 323 |
 07.04.2007 // 12:27:57
Пошарьте на форумах по молекулярной биологии. Там в какой-то из веток обсуждается анализ гель-электровореграмм. Принцип обработки ТСХ и Гелей примерно одинаков. А зарегистрированным пользователям есть доступ на ftp с софтом для обработки. Лично я пользуюсь Phoretix1D-очень удобная. Из бесплатного/неворованного можно посоветовать scionImage там есть плагины для обработки ТСХ-пластин. Если наносить пробы на линию станрта площадками шириной около 0,5-1 см, то можно добиться погрешности определения не более 10%. |
||
|
DSP007 VIP Member Ранг: 2228 |
08.04.2007 // 0:04:22
Здесь это знает на собственном опыте один человек (Garry). А еще знают ( но не скажут пока не заплатите) на Сорбполимере . |
||
|
SIG Пользователь Ранг: 1214 |
08.04.2007 // 0:05:38
Редактировано 1 раз(а) Поищите на форуме molbiol. Там есть кое-какие программки для этого. Только хорошо поищите  и будет Вам счастье.
|
||
|
Victoria Пользователь Ранг: 32 |
08.04.2007 // 22:20:39
Редактировано 1 раз(а) Полазайте по сайту Там есть принцип расчета, можно ознакомиться с работой программы. |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 528 |
09.04.2007 // 13:50:33
Ребята, подскажите пожалуйста прирнцип расчета ТСХ-хроматограмм на основе изображений пластин, снятых со сканера. Другими словами: с помощью каких формул расчитывать сигнал на базе возвращаемых (программно) rgb-цветов областей пятен и фона трека? Если есть какие либо ресурсы в Сети по этому вопросу - ткните носом - буду признателен! Garry - это очень хорошо. Сам пробовал его программу. Но он в Украине. Посмтрите статьи в ЖАХ т.58, №3, стр 241. И его статьи в этом плане. У него тоже есть кое-что, но дороже. Может быть для идеи, что и покажется интересным. |
||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
||
|
Garry VIP Member Ранг: 1076 |
11.04.2007 // 16:48:34
Уважаемый dev, если Вы не обладаете навыками програмиста, то объяснить будет несколько сложно, но попытаюсь. Раз уж Вы заговорили о RGB (red green blue), то должны знать, что это функция задания цвета и его тонов за счет различных соотношений между основными составляющими красным-зеленым-синим. Она (то бишь функция) имеет диапазон от (0,0,0) до (255,255,255). А в числовом выражении типа Long (VB) от 0 до 16777215 . Следует знать, что 0 этой функции - цвет черный, а максимальное ее значение - белый. Все остальные цвета и оттенки - что-то промежуточное. Обычно для того, чтобы пятно превратить в хроматографический пик нужно определиться с фоном. Т.е определить среднее значение этой RGB функции на каком-либо участке ТСХ без пятен. Затем нужно определиться с участком (хром.треком) и задать ширину трека (щели), где программно обследовать попиксельно, на предмет среднего значения функции за вычетом значения фона (но здесь нужно предусмотреть порог инвертирования сигнала !! иначе получите отрицательный сигнал в случаях если фон белый, а пятна темные или наоборот). Вычисление среднего значения функции проводят от одного края "условного" трека до другого по линии равной "толщине" одного пиксела. Полученные значения записывают в виде оцифровки (столбца цифр ) Вашей ТСХ-хроматограммы (вернее отдельно взятого трека). Ну, вот примерно, схема оцифровки (моя) реализованная в моем ТСХ-Менеджере 3.12 (уже). Если интересно загляните на мой сайтик
|
||
|
dev Пользователь Ранг: 29 |
12.04.2007 // 21:57:42
Ну, в какой-то степени обладаю .
Так и делаю!
Спасибо за ответ, Garry! Если возможно, уточните пожалуйста правильно ли я Вас понял: 1. В качестве числового значения цвета текущего пиксела Вы используете возвращаемое пикселом Long значение цвета (как я понял, Вы работаете в бэйсике), и это значение не нужно переводить в GrayScale-шкалу диапазона 0-255. 2. Функцией отклика для текущего пиксела трека является разность Long значений цветов пикселей фона и текущего пиксела трека. 3. Функцией отклика для текущего "среза" трека в поперечном хроматографированию направлении (от границы до границы трека) является сумма этих разностей, поделенная на ширину трека в пикселах. 4. Хроматограмма строится в координатах: Rf (или пикселах по направлению движения фронта растворителя) - функция, прописанная в пункте 3. Т.о. при расчете хроматограммы аналитическим сигналом является разность интенсивностей потоков света, отраженных от пикселей "фоновой" части пластины и пикселей трека, "измеренной" (если так можно выразиться ) сканером? И нет необходимости пользоваться формулами Кубелки-Манка, про которые, как правило, пишется (с кожалению на уровне т лишь упоминания) в ряде книг по ТСХ (да в том же Гейсе к примеру)?
Вы написали "примерно"; если существуют какие-либо тонкости расчета про которые Вы не упомули и которые не являются коммерческой тайной (учитывая что Вы автор ТСХ-Менеджера 3.12) , но в то же время могут улучшить точность расчетов, не затруднит ли Вас вкратце упоминуть и их? Еще раз спасибо за ответ! |
||
|
Garry VIP Member Ранг: 1076 |
13.04.2007 // 11:13:45
Ого ! Молодец ! Все очень разумно и правильно. Без Кубелки-Муна Вам не обойтись при построении калибровки. Дело в том, что существует, скажем так несколько вариантов детектирования (проявительный и эмиссионный) . Эмиссионный предполагает, что вещества флуоресциируют при воздействии на них определенных реактивов повышающих квантовый выход флуоресценции и облучая ТСХ возбуждающим эту флуоресценцию светом. В данном случае линейный диапазон между концентрацией и "глубиной" пятна гораздо шире. Но часто используют проявительный вариант - обрабатывая ТСХ проявителями, что приводит к визуализации пятен веществ. Вот здесь то и проявляется закон Кубелки-Муна и калибровка в этом случае будет параболой. Линейным диапазоном может служить лишь узкий промежуток в концентрационном выражении от 0,5 до 7 мкг нанесенного в-ва (не более! Далее парабола!). Тот алгоритм, который я использую, малость отличается от приведенного. Я предварительно разлагаю на значения цветовых составляющих, вычленяя значения, подверженные изменению, отбрасывая балласт. В общем, есть некоторые хитрости у каждого программиста. Например, Сорбфил-Видеоденситометр собирает информацию о яркости , а не о цветовой составляющей. Пробовал, неплохо, но не для всех случаев подходит удачно. Но для этого в VB нужны API функции. Я же разработал определенный класс, который позволяет добыть о пятнах на ТСХ любую информацию. Вот им и пользуюсь в своем ТСХ-Менеджере. А "тараканы" есть практически во всех программах. Сводить цветную картинку к градациям серой шкалы вовсе не обязательно, хотя как одно из решений, тоже может иметь место быть. Разрабатывая что-нибудь самостоятельно, Вы должны помнить о том, что прогой будут пользоваться юзеры, которые могут быть очень далеки от сути обработки и не смогут понять, почему, если картинка цветная, я должен делать некоторые манипуляции при сканировании картинки в виде черно-белых изображений. Хочется "магии" , простоты и надежности.
|
||
|
dev Пользователь Ранг: 29 |
16.04.2007 // 20:45:21
А, собственно, о какой яркости идет речь: о яркости B в цветовой модели HSB, о яркости L модели HLS, о яркости V в модели HSV, или яркости L в модели Lab ? Из указанных цветовых моделей только аббревиатура HSB содержит термин "яркость" (B -Brightness) напрямую, однако расчет этой самой яркости в целом повторяет перевод rgb в серые полутона (отличие только в коэффициентах при rgb-составляющих, да и коэффициенты эти определяют физиологическое восприятие цвета и, соответственно, лишены физического смысла). Спасибо за помощь ! |
||
|
Garry VIP Member Ранг: 1076 |
17.04.2007 // 12:27:49
Да, HSB (Hue, Saturation, Brightness). Ну не моя это идея, а -Сорбфиловская. |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 32
|
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
