Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

масс-спектры >>>

  Ответов в этой теме: 34
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Олег
Пользователь
Ранг: 526


26.03.2007 // 17:22:18     
Редактировано 2 раз(а)

... Цифры масс точно не совпадают, но порядок похож с данными мс-мс 500-700
Не понял. Совпадение масс должно быть точным, на то это и масс спек. Что такое 500-700 - это интактная масса? - Да, интактная масса, но это пределы значений масс на МАЛДИ. Их много и все не указываю.

Вы видите точно эту массу как 1+ / 2+ в LC/MS (сделайте ТIX). Эту массу фрагментировали? Если нет, поставьте массу одно и дву- зарядника в inclusion list, так чтобы не потерять. Не знаю. Хочу спросить у тех кто делал.

"Долбить" по массе: вы можете вводить в масс-спектрометр вашу смесь напрямую, без LC например чере nanospray source. Тогда (поскольку вам не надо гонятся за всеми пиками) вы можете снимать МС/МС с вашей массы пока проба не кончится и, меняя colliion energy, добится качественного спектра - те кто делал вряд ли согласятся "долбить" - они один раз сняли и - будь свободен... У них своих дел много.
Вы также можете этерифицировать часть пробы и пальнуть по пику полнстью этерифицированного пептида. Сопоставляя спектры, можно надежнее читать сиквенс (для триптических пептидов это вообще классно работает). Да, конечно попробую. Уже делал, но не смог снять мс-спектр. На МАЛДИ что-то не получилось. Делали бесплатно, может не захотели возиться...

Спасибо за советы. Есть над чем поработать. Только вот прибора нет Надо упрашивать...
Вы так много тратили время на меня, может быть Вы бы дали мне свои координаты и с меньшей затратой времени и большей эффективностью для меня мы смогли бы побеседовать?
Еще раз спасибо.
ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Олег
Пользователь
Ранг: 526


28.03.2007 // 14:25:08     

Олег пишет:
... Цифры масс точно не совпадают, но порядок похож с данными мс-мс 500-700
Не понял. Совпадение масс должно быть точным, на то это и масс спек. Что такое 500-700 - это интактная масса? - Да, интактная масса, но это пределы значений масс на МАЛДИ. Их много и все не указываю.

Вы видите точно эту массу как 1+ / 2+ в LC/MS (сделайте ТIX). Эту массу фрагментировали? Если нет, поставьте массу одно и дву- зарядника в inclusion list, так чтобы не потерять. - Не знаю. Хочу спросить у тех кто делал.

"Долбить" по массе: вы можете вводить в масс-спектрометр вашу смесь напрямую, без LC например чере nanospray source. Тогда (поскольку вам не надо гонятся за всеми пиками) вы можете снимать МС/МС с вашей массы пока проба не кончится и, меняя colliion energy, добится качественного спектра - те кто делал вряд ли согласятся "долбить" - они один раз сняли и - будь свободен... У них своих дел много.
Вы также можете этерифицировать часть пробы и пальнуть по пику полнстью этерифицированного пептида. Сопоставляя спектры, можно надежнее читать сиквенс (для триптических пептидов это вообще классно работает). Да, конечно попробую. Уже делал, но не смог снять мс-спектр. На МАЛДИ что-то не получилось. Делали бесплатно, может не захотели возиться...

Спасибо за советы. Есть над чем поработать. Вы так много тратили время на меня, может быть Вы бы дали мне свои координаты и с меньшей затратой времени и большей эффективностью для меня мы смогли бы побеседовать? Адрес указывал в начале.
Спасибо.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


28.03.2007 // 16:22:00     
Редактировано 1 раз(а)

Олег, еше раз: елси вы сами не масс-спек / протеомный специалист, интерепретация raw data и стратегия анализа не ваша работа. Если вы биохимик, то ваша работа хорошо делать биохимию и выдать интересный, хорошо публикуемый результат (если вы в академии), цели в компании разнятся так что выберете сами. Для этого вы должны работать в хорошем контакте протеомными специалистами и найти таких которые грамотно интерепретируют (!) результаты, а не просто скинут вам спектры на руки. Заочные консультации тут не помогут, нужно вместе анализировать данные по мере их поступления и решать что делать дальше. Я должен извинится, но, по многим причинам, я не могу заниматься вашей проблемой экспериментально.

Я подробно обсуждал вашу проблему здесь на форуме с образовательной целью, так как ваша проблема достаточно общая, так что теперь достаточно указать на ветку форума как зайдет (не обязательно на этом форуме) разговор о планировании протеомного эксперимента.

И, еще один совет: если вы не удовлетворены сотрудничеством с этой лабораторией, ищите другую: как вариант, запостите краткое описание проекта на molbiol.ru, vmso.ru или (но тут вы должны написать интересное письмо!) на abrf.org , это сайт core facility people, очень профессиональный. Но я бы начал с Российских лабораторий т.к. вам нужен прямой, непосредственный контакт.

Удачи и спрашивайте, если что.
ayuna
Пользователь
Ранг: 6


19.01.2012 // 13:20:03     
Редактировано 1 раз(а)

Пользователь удалил свое сообщение

  Ответов в этой теме: 34
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты