Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

масс-спектры >>>

  Ответов в этой теме: 34
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: масс-спектры
Олег
Пользователь
Ранг: 516

13.03.2007 // 13:53:26     
Редактировано 1 раз(а)

Уважаемые, форумчане! Не подскажите где можно получить консультацию по интепретации МС/МС спектров пептидов. Может быть кто владеет программами для секвенирования типа BioTools, SALCSA для рашифровки масс-спектров. Мне сняли спектры, а вот такой программы у ребят не оказалось. Считаю вручную (в эксэле), нахожу последовательности из 2-3 аминокислот, но полностью соединить всю информацию не могу. Хоть бы посоветоваться...
Спасибо!
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


13.03.2007 // 14:17:43     

Олег пишет:
Уважаемые, форумчане! Не подскажите где можно получить консультацию по интепретации МС/МС спектров пептидов. Может быть кто владеет программами для секвенирования типа BioTools, SALCSA для рашифровки масс-спектров. Мне сняли спектры, а вот такой программы у ребят не оказалось. Считаю вручную (в эксэле), нахожу последовательности из 2-3 аминокислот, но полностью соединить всю информацию не могу. Хоть бы посоветоваться...
Спасибо!


К сожалению, совет донельзя банален: обратитесь за помощью в (хорошую) протеомную лабораторию дайте им весь расклад - что за пептиды, откуда? что за прибор и тип спектров? чего надо добиться? и т.д. и т.д. 30 мин разговор со специалистом реально прояснит картину, а там и софт подберется.

Не хочу никого судить, но специалисты которые сняли спектры но не знают что с ними делать, настораживают. Ну, это как хирург который разрезал - и не знает, зачем.
lostbyte
Пользователь
Ранг: 166


13.03.2007 // 14:17:52     
Могу предложить BrukerDataAnalysis 1.6-правда это достаточно старенький пакет, там есть программка Amino-подбирает под заданную массу аминокислоты (но я с ней особенно не копался). Недавно вышли по этой теме две статьи (на русском, что для многих не маловажно ) в журнале Масс-спектрометрия (2006, том 3, №4, стр.225 и 255)-может вам будет интересно посмотреть. Автор второй статьи как раз оценивает алгоритмы идентификации пептидов-вероятно доступ к программным продуктам перечисленным там у него есть. Если не секрет-делали на MALDI или ESI?
Олег
Пользователь
Ранг: 516


13.03.2007 // 16:31:30     
Недавно вышли по этой теме две статьи (на русском, что для многих не маловажно ) в журнале Масс-спектрометрия (2006, том 3, №4, стр.225 и 255)-может вам будет интересно посмотреть. Автор второй статьи как раз оценивает алгоритмы идентификации пептидов-вероятно доступ к программным продуктам перечисленным там у него есть. Если не секрет-делали на MALDI или ESI?
Анализ проводили с использованием хроматографа Agilent 1100, детекцию (MS-анализ) и фрагментацию (MS-MS -анализ) аналитов проводили на масс-спектрометре Agilent LC/MSD Trap XCT.
Аминокилоты то нашел. А вот как их соединить в правильной последовательности? Пытался находить и b и Y остатки, но получается только не совсем так. А как собрать все воедино - нужна подсказака.
Не могли бы Вы выслать мне указанные статьи. У меня нет возможности просматривать эти журналы.
Спасибо!
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


13.03.2007 // 18:24:36     

Олег пишет:
ESI?
Аминокилоты то нашел. А вот как их соединить в правильной последовательности? Пытался находить и b и Y остатки, но получается только не совсем так. А как собрать все воедино - нужна подсказака.


А вам это надо?

Если вы хотите (например) идентифицировать белок по пептидным сиквенсам, так забросьте спектры в Mascot www.matrixscience.com и дело с концом. Хотите de novo интерпретацию - пожалуйста, есть например интернет версия PepNovo , поищите на peptide.ucsd.edu или PEAKS www.bioinfor.com:8080/peaksonline/ Хотите модификации, есть PepIdent от тех же авторов. Хотите идентифицировать белок через de novo, попробуйте МS BLAST dove.embl-heidelberg.de/Blast2/msblast.html или SPIDER bif.csd.uwo.ca/spider/

Это так, пяток сйтов на вскидку. Продолжать можно без конца.

Т.е. софта не просто много, а очень много. Но у каждого софта есть свои ограничения и минусы и здесь легко нарваться на фальш-негатив или (что хуже) фальш-позитив, потому что статистика у методов разная. Поэтому, хотите результата - говорите с профессионалами - тем более что вы с ion trap spectra работаете, где нет ни длинных фрагментных серий, и точн ость масс +/- 0.5 Da в лучшем случае, т.е. на D/N и Q/E вы будете провираться автоматом.
Олег
Пользователь
Ранг: 516


14.03.2007 // 10:51:59     
А вам это надо?
Поэтому, хотите результата - говорите с профессионалами - тем более что вы с ion trap spectra работаете, где нет ни длинных фрагментных серий, и точн ость масс +/- 0.5 Da в лучшем случае, т.е. на D/N и Q/E вы будете провираться автоматом.


Да, надо! А не дадите мне свой адрес для начала консультаций? Спасибо! мой: oleg4747{coбaчkа}mail.ru
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
ДельтаРС-ЭКО ДельтаРС-ЭКО
Основными направлениями работы компании в сфере экологической экспертизы являются: Тепловизионная диагностика; Химический анализ воздуха, воды, грунта; Измерение уровня радиации.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


14.03.2007 // 11:39:05     
Редактировано 1 раз(а)

Олег

"А вам это надо?" - извините, я имел ввиду только de novo интерпретацию (то что вы фактически делаете), может быть было бы эффективнее обойтись поиском с неинтерпретированным спектром (mascot, peaks, x!tandem etc etc)

Пожалуйста не обiжайтесь, но интерпретировать спектры по e-mail это как лечить триппер по телевизору. Если ву серьезно заинтересованы в результатах, специалист должен смотреть в raw data, а не в коллекцию peak lists.

Подскажите, где вы географически, и я постараюсь дать вам разумно удаленные контакты
Олег
Пользователь
Ранг: 516


14.03.2007 // 11:50:19     
Подскажите, где вы географически, и я постараюсь дать вам разумно удаленные контакты

У меня есть таблицы анализа... по ним и считаю
Бываю Москве, Питере.
Нахожусь в ЮФО. Элиста.
Олег
Пользователь
Ранг: 516


14.03.2007 // 11:50:26     
Подскажите, где вы географически, и я постараюсь дать вам разумно удаленные контакты

У меня есть таблицы анализа... по ним и считаю
Бываю Москве, Питере.
Нахожусь в ЮФО. Элиста.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


14.03.2007 // 12:41:52     

Олег пишет:

Бываю Москве, Питере.
Нахожусь в ЮФО. Элиста.


Тогда все просто:

обратитесь в институт биол и мед химии в Москве

www.ibmc.msk.ru/index_ru.shtml

у них есть сильная протеомная группа, так что проконсультировать вас они не откажут. У них, судя по сайту есть Agilent так что я вам советую взять полный LC MS/MS run (а не таблицы масс), отдать им и поросить для начала поискать через mascot, а там по обстоятельствам. У них также может быть Agilent's Spectrum Mill, тогда и de novo можно сделать прямо из raw data.

Удачи!
Олег
Пользователь
Ранг: 516


14.03.2007 // 14:40:12     
обратитесь в институт биол и мед химии в Москве

www.ibmc.msk.ru/index_ru.shtml

у них есть сильная протеомная группа, так что проконсультировать вас они не откажут. У них, судя по сайту есть Agilent так что я вам советую взять полный LC MS/MS run (а не таблицы масс), отдать им и поросить для начала поискать через mascot, а там по обстоятельствам. У них также может быть Agilent's Spectrum Mill, тогда и de novo можно сделать прямо из raw data.

Они то мне и делали. Выслали таблицы, а расшифровывать не могут. У них программа только на человека и мышек... Так что пока удачей не пахнет
Вы то далеко обитаете? Чтобы посоветоваться конкретно. Или также сильно заняты

  Ответов в этой теме: 34
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты