Форумы ANCHEM.RU: построение 3D поверхностей по данным ГХ-МС

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

построение 3D поверхностей по данным ГХ-МС >>>

  Ответов в этой теме: 22
  Страница: 1 2 3
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

OldBrave
VIP Member
Ранг: 1375

20.01.2019 // 2:25:41

Редактировано 1 раз(а)

vmu пишет:
В сети есть примеры. Вот для ЖХ-МС:...
В широком диапазоне масс и времен удерживания карта выглядит не очень...

Тут даже не диапазон масс существенен, а необходимо устанавливать срезы по оси времени в соответствии с max общего ионного тока. Естественно, ни о какой "поверхности" речи не должно идти. Полезной информативности от такой карты - ноль, - много работы и нулевой реальный выхлоп, можно, правда, показать картинку дилетантам...

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

trix
Пользователь
Ранг: 4

21.01.2019 // 12:41:10

bf109xxl пишет:
...Сохраните таблицу в csv-формате (только числа, никаких пояснений, позволяющих понять, к какому объекту относятся данные - мне лишние сведения не нужны), заархивируйте в zip/rar/7z и положите файл на какой-нибудь файлообменник. Если, конечно, сочтете это приемлемым.

Спасибо за помощь, ссылка на архив
files.dp.ua/file?source=19012111275438013780
В данных ничего секретного, ГХ-МС анализ проведен мною.
Эти данные полностью сырые, без вычитания фона. Вполне понимаю критику, но пока сам не попробуешь, не поймешь, насколько результаты будут применимы.
В любом случае, если в науке каждую идею, тем более не невыполнимую, отбрасывать без проверки, то результата не будет точно...
Благодарю всех отписавшихся, если у кого-то будут еще какие-то идеи, рад буду услышать.

vmu
Пользователь
Ранг: 1394

22.01.2019 // 0:16:57

У меня в SigmaPlot 11.0 получились такие картинки:
https://yadi.sk/d/Xfmd54LOAbvA9A
3D график можно назвать более-менее наглядным, но с натяжкой. Контурные карты, как и предполагалось, можно использовать (но тоже с натяжкой) только для узких интервалов времен и m/z. Программа при обработке данных прилично тормозит, особенно с 3D графиком. Несколько ускоряет процесс использование только каждой десятой точки по оси времени. Ширины пиков на хроматограмме более-менее позволяют уменьшить дискретизацию по оси времени в 10 раз (для пиков в начале хроматограммы форма пика все же заметно искажается). По оси m/z дискретизация как есть в исходном файле (т.е. целочисленные m/z).

gennadyrs
Пользователь
Ранг: 11

23.01.2019 // 14:29:13

А этой программой можно открыть .csv. По крайней мере файл, который здесь упоминается.

gesen.narod.ru/bcs.zip

Спектрохроматограмма слишком большая, поэтому открывается долго и плохо видно пики без увеличения. Кроме того данные отображаются как они есть и нет плавных переходов между уровнями.

vmu
Пользователь
Ранг: 1394

23.01.2019 // 15:20:21

Файлы .csv открываются в Excel. Только для присланного большого файла нужна свежая версия. Версия 2003 и более ранние имеют ограничение в 65536 строк. Все там нормально отображается. Возьмите, например, m/z 57 и посторойте график зависимости сигнала от времени. Получится нормальная хроматограмма. А между разными m/z и не должно быть плавных переходов.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

ЦКП «Идентификация и оценка биотехнологического потенциала микроорганизмов»
Центр коллективного пользования «Идентификация и оценка биотехнологического потенциала микроорганизмов» («Биоресурсы для биотехнологии») создан на базе трех научных подразделений института ФГУП ГосНИИгенетика. В штате ЦКП 50 высококвалифицированных специалистов в области микробиологии, молекулярной генетики, аналитических методов исследований, информатики, патентоведения, ферментации и криоконсервации.

gennadyrs
Пользователь
Ранг: 11

23.01.2019 // 16:34:35

Редактировано 1 раз(а)

vmu пишет:
Файлы .csv открываются в Excel. Только для присланного большого файла нужна свежая версия. Версия 2003 и более ранние имеют ограничение в 65536 строк. Все там нормально отображается. Возьмите, например, m/z 57 и посторойте график зависимости сигнала от времени. Получится нормальная хроматограмма. А между разными m/z и не должно быть плавных переходов.

Если это ответ на моё сообщение, то я знаю, что в эксель можно эти файлы открывать. И даже можно строить графики. Можно даже ухитриться посчитать площадь.

Только большинство хроматографистов предпочитают хроматографическое програмное обеспечение для работы с хроматограммами. А любителям эксель никто не запрещает мучиться с эксель.

vmu
Пользователь
Ранг: 1394

23.01.2019 // 17:07:31

Редактировано 1 раз(а)

gennadyrs пишет:
Если это ответ на моё сообщение...

Да, теперь глянул ваш архив. Занятная программка.
Хроматографисты, конечно, предпочитают хроматографическое програмное обеспечение (особенно фирменное, поставленное вместе с хроматографом), но в Excel можно тоже делать полезные вещи, которые нельзя сделать, используя то или иное фирменное хроматографическое ПО. Никаких мучений.

gennadyrs
Пользователь
Ранг: 11

12.02.2019 // 16:40:03

У меня нет ни одного устройства с Виндовс. Как мне воспользоваться фирменными программами, если я не хочу покупать Виндовс?

Фирменные программы часто защищены от бесплатного использования. А хроматографисты иногда хотят и дома поработать со своими хроматограммами.

Что вообще можно сделать с помощью эксель? Даже простой экспорт хроматограммы или спектра уже будет мучителен. А попробуйте пик разметить и проинтегрировать! Есть ещё анализ спектральной чистоты пика. Конечно же обработка хроматографических данных, даже не трёхмерной, будет мучителен.

Вообще Эксель - программа почти не пригодная ни для каких целей.

vmu
Пользователь
Ранг: 1394

12.02.2019 // 20:38:15

gennadyrs, вы так пишете, будто я сказал, что эксель умеет печь пироги, и заставляю вас их печь в экселе. Нет, эксель не умеет печь пироги и еще много чего не умеет. Но кое-что умеет. В чем мучительность экспорта хроматограммы из хроматографического ПО в эксель? Хроматограмма - это ровно два столбца в таблице или простейший двумерный график, с рисованием которого эксель справится без проблем. Спектр - то же самое. Хроматограмма со спектрами - это уже таблица с множеством столбцов, но всего лишь таблица. Из нее в экселе проблематично сделать красивый 3D рисунок, но возможно визуализировать хроматограммы при разных m/z или длинах волн, либо извлечь спектры для заданых точек времени. Такую таблицу топикстартер вам прислал в виде csv-файла без всяких мучений. Понятно, что эксель не предназначен для разметки и удобного просмотра хроматограмм, но, если мне понадобится, то, не сомневайтесь, я в экселе размечу и проинтегрирую пик.

SergeyK
Пользователь
Ранг: 2168

13.02.2019 // 8:52:35

gennadyrs пишет:

Вообще Эксель - программа почти не пригодная ни для каких целей.

Желаю ещё тогда обсудить с вами языки программирования, а также deb и rpm. Интересно, как быстро мы подеремся?


Ответов в этой теме: 22 Страница: 1 2 3 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты