Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

LC-MS/MS(q/q) peptide identification. >>>

  Ответов в этой теме: 8

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: LC-MS/MS(q/q) peptide identification.
virtu
VIP Member
Ранг: 2116

28.05.2009 // 12:28:02     
Нужны советы "практического" характера. Если кто занимался (-ется) буду признателен за отклик (e-mail)

Пептиды: 5-10 АК. Модифицированные (по однотипной функциональной группе).

С уважением, Алексей.
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


28.05.2009 // 16:55:52     
Редактировано 1 раз(а)

А в чем именно проблема? В принципе, мы это делаем, среди других анализов.

Только не понятно, что значит q/q в этом контексте. И, вам нужно идентифицировать модифицированные пептиды среди немодифицированных?
ISafon
Пользователь
Ранг: 9


28.05.2009 // 17:22:24     
Добрый день коллеги. Прошу прощения за то. что не отвечаю, а обращаюсь с вопросом. Но LC/МS меня тоже очень интересует.
Я занимаюсь фитохимией - конкретно спиртовыми экстрактами.
Я увидела Ваши слова "мы этим (LC/МS ) занимаемся" и прошу помощи. Можно ли проанализировать мои спиртовые экстракты.
Если да то за почем и как Вас найти.
Мой E-mail ISafon{coбaчkа}yandex.ru
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


28.05.2009 // 17:35:43     
Охотно помогу советом, литературой, методиками. Но делать сервис-анализы не сможем.
ISafon
Пользователь
Ранг: 9


28.05.2009 // 21:37:37     

Spectrometrist пишет:
Охотно помогу советом, литературой, методиками. Но делать сервис-анализы не сможем.
Cпасибо, что ответили. Очень жаль , что не сможете. Я бы с удовольстием и большим интересом все анализы делала бы сама, но в нашем городе нет прибора. Но если вдруг мне удастся в какой-либо лаборатории что-либо сделать, и вдруг / не дай бог/ возникнут вопросы, не удивляйтесь, если я возникну со своими вопросами. А может у Вас ситуация изменится??? Я обычную ВЭЖХ сделала, пиков более 60, а стандартов только 20..... Поэтому продолжаю кричать о помощи.
virtu
VIP Member
Ранг: 2116


29.05.2009 // 16:45:28     
to Spectrometrist:

Спасибо за отклик.
Проблемы нет - нужны советы "практического" характера. Меня интересует алгоритм идентификации - ПО, информационная поддержка и т.д. Я так понимаю, что в базах модифицированных нет.

Да, нужно именно это.

Оставьте пож-та свой e-mail или напишите что-то на utriv{coбaчkа}mail.ru или virtulc{coбaчkа}gmail.com

З.Ы.: q/q = quadrupole/quadrupole

С уважением, Алексей.
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Магнитная мешалка US-1500D Магнитная мешалка US-1500D
Перемешивание жидкостей с помощью вращающегося в магнитном поле якоря, с возможностью подогрева. Широко используется в лабораториях для обучающего процесса и научных исследований, медицинских учреждениях и на производстве для перемешивания образцов. Диапазон скорости вращения: 0 - 1500 об/мин. Мощность нагревательного элемента: 500 Вт. Температура нагрева: до 340°С.
[ Информация из каталога оборудования ANCHEM.RU ]
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


29.05.2009 // 18:02:06     
Редактировано 1 раз(а)

Алгоритмы и т.д. это большая тема, для начала рекомендую:

Forner, F., Foster, L.J. and Toppo, S. (2007) Mass spectrometry data analysis in the proteomics era. Current Bioinformatics, 2, 63-93.

Это складно написанныей обзор, вполне достаточно для "озанкомительного чтения". Если вам до него не добраться, дайте мне знать, выложу где нибудь.

q/q - этой не triple quadrupole имеется ввиду? Для него лучше без LC, банально наноспреем, но не очень эффективно

Wilm, M., Neubauer, G. and Mann, M. (1996) Parent ion scans of unseparated peptide mixtures. Anal Chem, 68, 527-533.

Если это "хороший" новый трипл квад, лучше делать inclusion lists and МRM, тогда LC подойдет очень хорошс. Но это если в нескольких белках (а лучше в одном), а не на сложной смеси.
virtu
VIP Member
Ранг: 2116


29.05.2009 // 20:11:33     
Спасибо за ссылки. Изучаю. Вектор понятен.
Да, triple quadrupole (просто руки "не поворачиваются" так писать).
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


29.05.2009 // 20:43:05     

virtu пишет:

Да, triple quadrupole (просто руки "не поворачиваются" так писать).


тогда более корректно QqQ, где Q традиционно обозначают аналитический, а q RF-only квадруполь (= collision cell).

  Ответов в этой теме: 8

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты