Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 


ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

ЖИДКОСТНАЯ ХРОМАТОГРАФИЯ, Как правильно обработать? >>>

  Ответов в этой теме: 16
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: ЖИДКОСТНАЯ ХРОМАТОГРАФИЯ, Как правильно обработать?
Evgeny
Пользователь
Ранг: 7

21.07.2004 // 16:57:32     
Уважаемые биологи, подскажите пожалуйста, где можно ознакомиться со стандартной методикой (пакетом) обработки кривых молекулярно-массового распределения, а именно, определения количества молекул с той или иной кажущейся молекулярной массой.
Есть несколько ММР с несколькими перекрывающимися пиками, находящимися на тех же местах, но с разной амплитудой от распределения к распределению. Нужно правильно найти площади каждого пика (видимо). Пока пользуюсь ORIGIN.

Спасибо. С уважением, Евгений.
ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


21.07.2004 // 17:43:47     

Evgeny пишет:
Есть несколько ММР с несколькими перекрывающимися пиками, находящимися на тех же местах, но с разной амплитудой от распределения к распределению.
Нужно правильно найти площади каждого пика (видимо). Пока пользуюсь ORIGIN.

Так в чем конкретно проблема-то?
Проинтегрируйте свои кривые и нормируйте на полученное значение через Analysis->Calculus->Integrate. Можно и с аппроксимацией поиграться: параметры распределения найти нелинейным фитированием, функцию можно подобрать через Fitting Wizard (в последней версии).
Есть и всякие дополнительные прилады к Ориджину для обработки пиков, например, здесь: originlab.com/FileExchange/details.aspx?C=5&cid=18&fid=68
Evgeny
Пользователь
Ранг: 7


21.07.2004 // 20:38:52     
Добрый вечер, спасибо за внимание к вопросу.
Конкретно проблема заключается в том, что надо раз и навсегда принять решение как именно учесть два пика в их перекрытии. В ММР есть пик, после некоторого воздействия пик проседает и уширяется у основания, либо я считаю что там есть один мощный гаусс, а по краям его два маленьких пичка (что вряд ли соответствует реальной картине распределения осколков молекулы (исходный пик)), либо это широкий гаусс и на него наложен исходный пик меньшей амплитуды. Вот меня и интересует не мощное орудие обработки пиков, типа ориджина, а алгоритм или их набор, как именно разделить два пика (например, алгоритм имени Васи Пупкина и т.п.) именно применительно к хроматографии.

Спасибо.
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


22.07.2004 // 0:51:43     

Evgeny пишет:
как именно разделить два пика (например, алгоритм имени Васи Пупкина и т.п.) именно применительно к хроматографии.
Приветствую.
Не совсем понимаю, что означает "применительно к хроматографии". Если Вы под этим понимаете некие специфические функции распределения, то их легко добавить к имеющимся стандартным. Кстати, в стандартном наборе Ориджина есть несколько "хроматографических" функций.
А вообще, на для сией задачи есмь такое счастие, как Peak Fitting Module, оный содержится в Pro-версии или покупается отдельно. Ежели его будет недостаточно, то дискуссию можно продолжить и углУбить.

Я не являюсь докой в хроматографии - так, немного балуюсь гель-фильтрацией иногда в качестве "привеска" к ИСП-МС, а результаты обрабатываю именно в Ориджине. Не могу ничего сказать на тему специфического софта, но из опыта предыдущих лет есть подозрение, что если задачи не рутинные, то специфический софт обычно оказывается недостаточно функциональным. Был бы признателен более опытным коллегам-хроматографистам за их мнения на сей счет.

Успехов.
Evgeny
Пользователь
Ранг: 7


22.07.2004 // 12:37:55     

Не совсем понимаю, что означает "применительно к хроматографии".
Кстати, в стандартном наборе Ориджина есть несколько "хроматографических" функций.
если задачи не рутинные, то специфический софт обычно оказывается недостаточно функциональным.
Спасибо за внимание и ответ.
Под "применитнльно к хроматографии" имеются в виду какие-либо аксиомы или запреты на обработку, точнее то как нельзя фитовать, потому, что это противоречит каким-либо принципам, например, скачек (степ-функция). Или другие более глубокие сообращения, мне неизвестные, но существующие.
Если не затруднит, где лежат эти "хроматографические" функции в Ориджине?
Задача рутинная, вытащить из молекулярно-массовых распределений количественную информацию о веществе: до и после его модификации.

Большое спасибо, склоняюсь, что буду пользовать ориджин и дальше.
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


22.07.2004 // 14:04:36     
Приветствую.


Evgeny пишет:
Под "применитнльно к хроматографии" имеются в виду какие-либо аксиомы или запреты на обработку, точнее то как нельзя фитовать, потому, что это противоречит каким-либо принципам, например, скачек (степ-функция). Или другие более глубокие сообращения, мне неизвестные, но существующие.
Уууу... Тут я пас - это уже сурьезный хроматографический вопрос для ответа на который я недостаточно компетентен.



Если не затруднит, где лежат эти "хроматографические" функции в Ориджине?

Они обычно лежат в <Origin>\FitFunc в виде fdf-файлов. В версии 7.5 (в более ранних уже не помню) наличствуют:
Chesler-Cram Peak Function (CCE)
Edgeworth-Cramer Peak Function
(ECS)
Giddings peak function
Gram-Charlier peak function (GCAS)
Exponentially modified Gaussian peak function (GaussMod)
Естественно, старый добрый Гаусс тоже наличствует.

Используются сии функции в Non-linear Curve Fit, но, насколько я понимаю, предназначены оне для аппроксимации именно хроматографических пиков, а не распределений. Распределения там кой-какие наличствуют в Basic Functions.


Задача рутинная, вытащить из молекулярно-массовых распределений количественную информацию о веществе: до и после его модификации.
Какую именно информацию? ММР само по себе уже достаточно сурьезная информация... Обычно, проблемно получить ММР, а уж аппроксимировать его куда проще.


Большое спасибо, склоняюсь, что буду пользовать ориджин и дальше.
И это правильно. Ибо пакет мощный, гибкий и удобный.

Успехов.
Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
ГХ-МС Varian 210-MS GC Ion Trap ГХ-МС Varian 210-MS GC Ion Trap
Ионная ловушка с газовым хроматографом 430-GC, турбомолекулярным насосом.
[ Информация из каталога оборудования ANCHEM.RU ]
Evgeny
Пользователь
Ранг: 7


22.07.2004 // 19:54:20     
Спасибо, за развернутый ответ. Он меня удовлетворил. Что же касается информации, то нужна площадь под пиком, который сначала надо выделить, а она, как я понимаю является количеством вещества с данной массой. И далее это количество сравнивается с аналогичным, но при меньшем (большем) воздействии. Так же интересна амплитуда, но с этим проще.
knoxchem
Пользователь
Ранг: 515


23.07.2004 // 4:00:31     
Я использую SigmaPlot - это более удобная программа, чем Origin, да и возможностей у неё больше, в том числе встроенная возможность программирования, что часто очень и очень полезно.
В общем рекомендую.
bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727


04.08.2004 // 18:15:55     

knoxchem пишет:
Я использую SigmaPlot - это более удобная программа, чем Origin, да и возможностей у неё больше, в том числе встроенная возможность программирования, что часто очень и очень полезно.
В общем рекомендую.


Скажем так, мнение сие более, чем спорно. У Ориджина есть интерфейсы с Матлабом, Математикой и Лэбвью. Есть собственные языки программирования - скриптовый Лэбтолк и Ориджн Си. И встроенных возможностей у СигмаПлота меньше, да и в работе повседневной Ориджин удобнее, что подтверждается статистикой продаж. Я не хочу сказать, что СигмаПлот сильно проигрывает Ориджину, продукты весьма близкие, но надо отдать справедливость - ОриджнЛэб сурьезно поработала над последними версиями в отличие от СПСС.

P.S. Софтины ентие у меня наличствуют, Ориджином пользуюсь постоянно, СигмаПлот-ом - спорадически. Насравнивался вполне достаточно.
Garry
VIP Member
Ранг: 1076


05.08.2004 // 10:13:36     
Евгений, здравствуйте. Я тут поглядел посты. Дело в том, что я ММР занимаюсь по долгу службы. У нас на предприятии я выполняю ММР расчеты декстранов и иже из них изготовленного препарата "Реополиглюкин".
Для этого дела я разработал специальную прогу , обрабатывающую хроматографические файлы, строящую калибровки, оптимизирующую эти калибровки и производящую расчеты Mn,Mw, Mw 10% High ,Mw 10% Low, Mw/Mn, Rg, Nu и так далее. Называется она MWD5.2004. Подробнее можете ознакомиться на моем сайтике www.garryc.chat.ru. Если она заинтересует черкните мне с сайта на мейл igor@dpharm.dp.ua и я пришлю ее Вам. Эта программа работает у Мякушева Виктора в Москве (но более ранняя версия). Он файлы получает с помощью МультиХрома, а затем транслирует их в ТХТ формат, для иноземных систем я предусмотрел работу с "*.csv" файлами.
Evgeny
Пользователь
Ранг: 7


23.08.2004 // 16:05:33     

knoxchem пишет:
Я использую SigmaPlot - это более удобная программа, чем Origin, да и возможностей у неё больше, в том числе встроенная возможность программирования, что часто очень и очень полезно.
В общем рекомендую.

Спасибо, вот я хочу спросить, что лучше: SigmaScan или SigmaPlot? И где можно взять ту или другую, SigmaScan поискал, ссылкие есть, но мертвые

  Ответов в этой теме: 16
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

Ответ на тему


ААС, ИСП-АЭС, ИСП-МС - прямые поставки в 2022 году

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]


ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2022
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты