Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

аминокислотный анализ >>>

  Ответов в этой теме: 3

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: аминокислотный анализ
lyak
Пользователь
Ранг: 2

02.02.2007 // 12:10:31     
Добрый день!
Буду очень благодарна, если кто-то поможет разобраться в незнакомой мне области.
Никогда не сталкивалась с такими методами подтверждения структуры.
Прислали тут документацию на биологическую субстанцию (интерферон, 165 аминокислот). Анализ белка - аминокислотный анализ (прибор неизвестен, результат - таблица с вычисленным числом остатков разных аминокислот и найденным числом остатков. Погрешность в случае некоторых кислот - до 40%. Общее количество остатков в вычисленном и найденном совпадает.
Также для белка было сделано пептидное картирование с последующим масс-спектрометрическим анализом. Результат - подтверждена структура большей части фрагментов белка, но не вся. В особенности смущает, что не подтверждена структура того фрагмента, в котором кроется различие между альфа-2а и альфа-2b формами интерферона..
Вопрос: можно ли на основании таких данных судить об идентичности белка определенному типу интерферона? Насколько нормальна такая погрешность для аминокислотного анализа?
Спасибо заранее.
ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Garry
VIP Member
Ранг: 1076


02.02.2007 // 13:24:29     
Ну, насколько я осведомлен в молекулярной биологии, то судить об идентичности двух белков можно лишь по иммунологическим свойствам. Аминокислотный состав отображает брутто-фарш белка но ничего не говорит о порядке следования аминокислот. Пептидная карта , или "отпечаток пальца" в принципе говорит о наличии в конкретных точках молекулы белка гидролизуемых протеазами пептидных связей. Если карты двух белков совпадают , то в принципе можно говорить о схожести структур, но не обязательно об идентичности !!! Белок, возможно интерферон, но какая это форма может показать лишь иммунология.
lyak
Пользователь
Ранг: 2


05.02.2007 // 10:04:40     
cпасибо, понятно
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


05.02.2007 // 14:45:51     

lyak пишет:
Добрый день!
Результат - подтверждена структура большей части фрагментов белка, но не вся. В особенности смущает, что не подтверждена структура того фрагмента, в котором кроется различие между альфа-2а и альфа-2b формами интерферона..
Вопрос: можно ли на основании таких данных судить об идентичности белка определенному типу интерферона?
Спасибо заранее.


Вы сами ответили.

Если карту делали МАЛДИ, то она не сильно представительная по определению из-за suppression effects, кроме того короткие фрагментаы (< 5 ак) вообше могут потерятся из за шума матрицы.

Погрешность аминокислотного анализа великовата, но и боле точный ААА вам немного даст.

Кроме того, 100% правильный сиквенс не гарантирует активность - белок может быть денатуририван или экспрессирован так, что он в процессе не правильно свернулся.

  Ответов в этой теме: 3

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты