Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Bruker autoflex speed TOF/TOF на мою седую голову >>>

  Ответов в этой теме: 10

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: Bruker autoflex speed TOF/TOF на мою седую голову
Andrew
VIP Member
Ранг: 1322

29.06.2014 // 23:34:05     
Добрый день коллеги! В ближайшие пару недель на мои седины свалится новенький масс-спектрометр Bruker autoflex speed TOF/TOF.

Поздравьте либо посочувствуйте, а у кого есть опыт дрессировки этого зверя, прошу поделиться.

Задачи медицинско-диагностические.
ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
virtu
VIP Member
Ранг: 2130


30.06.2014 // 0:58:19     
Железо хорошее, сервис у Брукера по части МС (по крайней мере, в Москве) отличный.

Остальное будет зависеть от соответствия железа (конфигурации и т.д.) целевым задачам. Другими словами, если соответствует, то могу поздравить, если не соответствует - сочувствую, но опыта в любом случае наберетесь
Andrew
VIP Member
Ранг: 1322


02.09.2014 // 11:03:09     
Коллеги! А есть ли у кого опыт работы в MALDI-MS?
В Бремен пока не посылают. Сервис-инженера терроризирую периодически. Но может еще у кого такой зверь имеется?
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


02.09.2014 // 15:45:53     

Andrew пишет:
Коллеги! А есть ли у кого опыт работы в MALDI-MS?


А что именно вас интересует, в чем проблема?

С MALDI работал и много (протеомикс), но с Брукеровским TOF/TOF нет
lostbyte
Пользователь
Ранг: 166


03.09.2014 // 18:20:33     

Andrew пишет:
Коллеги! А есть ли у кого опыт работы в MALDI-MS?
В Бремен пока не посылают. Сервис-инженера терроризирую периодически. Но может еще у кого такой зверь имеется?


У нас аналогичный прибор стоит, правда объекты совсем другие. Если есть желание пообщаться пишите на borisov[собака]ips.ac.ru
Andrew
VIP Member
Ранг: 1322


08.09.2014 // 11:23:50     
Первая сложность - подготовка проб. Основной объект - кровь. Задача - поиск маркеров заболеваний. Протеомный "штрих-код". Вопрос - что выбрать: сыворотку или плазму. Взял плазму. Попробовал осадить тяжелые белки ацетонитрилом, двойным объемом. Нашел в диссере Машковского. Осадилось много. Открутил. Супернатант сдуру ввел в нанохроматограф и забил предколонку.
Попробовал напрямую нанести на мишень и закристаллизовать в альфацианогидроксикоричную кислоту. Хорошие кристаллы не получаются. Мазня какая-то. Использовал насыщенный раствор в смеси 0,1% ТФУ-Ацетонитрил 1:1. Наносил и последовательно, и после предварительного смешивания.
Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Акендора, ООО Акендора, ООО
Комплексное оснащение лабораторий. Широкий ассортимент продукции для оснащения химической и экологической лаборатории.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


09.09.2014 // 15:36:05     
Редактировано 1 раз(а)

Не обижайтесь, но это крайне неправильно и непрофессионально, включая постановку задачи.

Вам надо где то стажироваться и отнюдь не в application lab Брукерa; советы на форуме вам тоже не помогут - они хороши для решения частных "тактических" проблем, вам же нужно понять какая у вас должна быть стратегия, после чего придет время "мелких (но важных) технических вопросов.

Например, где вы хотите искать маркеры - в белках? метаболитах? пептидах (полно их там плавает)? липидах? гормонах? список ну очень длинный, а "везде" это ни разу не ответ.

Почему вы думаете что для ваших заболеваний маркер существует? Ну, типа как в математике - докажите существование решения?

Если вы нашли маркер, как независимо проверить что это правильный маркер? "Взять еще 1000 пациентов" это тоже не ответ.

И таких "глобальных" вопросов будет очень, очень много, и вам нужно на них ответить прежде чем вы начнете что то мерить.

virtu
VIP Member
Ранг: 2130


09.09.2014 // 17:26:38     
Редактировано 1 раз(а)

Поддержу "линию" Spectrometrista. Надо строго определиться с задачей/задачами, т.к. даже в рамках протеомики - это огромная тема и здесь надо четко понимать возможности железа для решения тех или иных задач. Плюс, если действительно пойдете в протеомику и никогда раньше этим не занимались, то есть смысл пройти стажировку, т.к. мелочей много, причем, львиная их доля в пробоподготовке.

С медиками наверное работаете? Надо их немного "приземлить". Вам нужно сесть вместе и хорошенько поговорить о задачах, стратегии, планах и т.д. Надо всех собрать, заранее дав время на хорошую подготовку (в том числе и себе), чтобы получился конструктивный диалог. Обязательно подготовить их, что решение их задач будет не быстрым, что нужно будет такое-то финансирование, возможно, дополнительные трудовые ресурсы, стажировка и обучение и т.д. В общем, надо наводить порядок, иначе будет бардак, хаос и ничего толком у Вас не получится.
Andrew
VIP Member
Ранг: 1322


11.09.2014 // 13:14:56     
Редактировано 1 раз(а)

Пользователь удалил свое сообщение
Andrew
VIP Member
Ранг: 1322


11.09.2014 // 13:14:56     
Зря недооцениваете возможности форума.
Уже ваши два сообщения несут определенную пользу для меня. Хотя бы потому, что отвечают на возникший у меня вопрос: "Толи лыжи не едут, толи я .....".

Работаю именно с медиками и убеждаюсь в расплывчатости постановки задачи, что вы и подтвердили. Но формирование стратегии и освоение железа вполне могут идти параллельно. И узкие вопросы тоже возникают. Например, какой раствор матрицы (альфацианогидроксикоричной кислоты) лучше готовить для мишени из полированной стали и образца в виде водно-ацетонитрильного раствора пептидов?
Какая матрица лучше для белков/пептидов в диапазоне 10-70 кДа?
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


11.09.2014 // 17:32:01     
Пептиды (< 3 кДа) с альфациано-, вариантов как делать полно (dry droplet, thin layer, не считая экзотических вариантов. Обычный совет студенту thin layer с HCCA, dry droplet c DHB. У нас хорошо шло с AnchorChip targets, потому что можно было on target обессолить / помыть в разумных пределах, конечно. Работает замечательно, чутье аттомольное на чистых дайджестах получить легко.

Белки (> 15 кДа, типа тяжелее цитохрома) в нашем опыте лучше с DHB и естественно в линейной моде. Да, разрешение никакое, но как то это работает. С белковыми смесями работает плохо, особенно где нужно >1:10 динамический диапазон. Про квантификацию реально можно забыть.

Не в том соль как готовить матрицу, а в том как уменьшить соль в образце, иначе будте видеть холмы кластеров. Липиды тоже пакостят.

  Ответов в этой теме: 10

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты