Форумы ANCHEM.RU: Металлы и ДНК

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Металлы и ДНК >>>

Ответов в этой теме: 9

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Металлы и ДНК

randle
Пользователь
Ранг: 5

13.11.2003 // 20:00:15

Вот у меня есть днк-олигонуклеотиды длиной 11 и 22 нуклеотидных звена в количестве 100pmol и растворимые соли двух/трехвалентных металлов (от магния до предположим свинца или даже празеодима, лантана)..в количестве 10 nmol, объем смеси предполагается 10 мкл. и вот задумал я избавиться от этих ионов металлов, как?
Диализ, гель-фильтрация, электрофорез, ионообменник, обращенка - ? кто что посоветует..
тему обсуждали на molbiol.ru/cgi-bin/ubb/ultimatebb.cgi?ubb=get_topic;f=1;t=004075 и molbiol.ru/cgi-bin/ubb/ultimatebb.cgi?ubb=get_topic;f=1;t=004064

Буду благодарен за советы..
Алексей.

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

КонстантинС
VIP Member
Ранг: 2306

13.11.2003 // 23:19:45

Наверное, тут дело даже не в концентрации, а в объеме. Обычно объем довольно большой, и поэтому стандартная процедура - диализ... поправьте если чего не понимаю..

Леонид
VIP Member
Ранг: 5266

14.11.2003 // 8:33:20

Я бы попробовал ТФЭ металлов на комплексообразующем сорбенте, например, "Диапак ИДК". Нуклеотиды должны проскочить, а металлы сядут практически количественно, правда, только d-элементы. Чтобы убрать кальций и магний, нужно использовать "Диапак Сульфо" в слабощелочной среде. А вот как себя поведут в этих условиях фрагменты ДНК - одному богу известно. Короче, надо пробовать.
Есть еще один вариант обессоливания, т.е. уберутся как катионы, так и анионы - эксклюзионная хроматография на полужестких гелях, например, на Сефадексе G10 или его более современных аналогах.
В свое время мне этим методом удавалось неплохо освободиться от ионов солей в растворах пептидов с ММ 3000 - 18000 Дальтон.

Леонид
VIP Member
Ранг: 5266

14.11.2003 // 8:57:11

Редактировано 1 раз(а)

Да, чуть не забыл! Диализ на стандартных мембранах пробовать не стоит - слишко маленький объем, да и неклеотиды сядут напополам. После этого их ничем не смыть.
Правда, одно время в оборонке производили тефлоновые мембраны, бомбардированные ядрами ксенона. Вот через такую мембрану при диализе и металлы уйдут и целевое вещество не сядет. А где их достать сейчас - понятия не имею.

Так что единственные приемлемый вариант - эксклюзионка. При этом, правда, объем раствора, содержащий ДНК, увеличится в несколько раз. Но лишний растворитель можно убрать, например, в лиофильной сушилке или, если время терпит, - в банальном эксикаторе.

Костя
Пользователь
Ранг: 576

14.11.2003 // 11:18:58

гель форез с переносом олигов в диализный мешок

randle
Пользователь
Ранг: 5

14.11.2003 // 14:22:46

Я добавил в ПААГ гель соли до 100мМ и в стандартном трис-боратном буфере прогнал форез.. фронта не было, все разошлось - думаю это лучшее, т.к. потерь нет вообще.. ведь мне собственно избавляться от металлов нужно было для того. чтобы переосадить (здесь металлы дают проблемы с перерастворением) и разделить в геле
А так вроде бы все получается и так..
Спасибо.
Сейчас проблема в организации эксперимента (чтобы 10 мкл простояли 2-ое суток и никуда не "улетели").. но это уже не аналитика.. Спасибо. А эксклюзивную хроматографию попробую как-нибудь..
А.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

СНОЛ-ТЕРМ, ООО
ООО «СНОЛ-ТЕРМ» - официальный представитель завода АВ “UMEGA” (АО «Утенос Электротехника»), Литва, изготовителя лабораторных и промышленных печей запатентованной марки SNOL®

КонстантинС
VIP Member
Ранг: 2306

14.11.2003 // 17:34:18

Костя пишет:
гель форез с переносом олигов в диализный мешок

согласен

КонстантинС
VIP Member
Ранг: 2306

14.11.2003 // 17:36:37

Леонид пишет:
Я бы попробовал ТФЭ металлов на комплексообразующем сорбенте, например, "Диапак ИДК". Нуклеотиды должны проскочить, а металлы сядут практически количественно, правда, только d-элементы. Чтобы убрать кальций и магний, нужно использовать "Диапак Сульфо" в слабощелочной среде. А вот как себя поведут в этих условиях фрагменты ДНК - одному богу известно. Короче, надо пробовать.
Есть еще один вариант обессоливания, т.е. уберутся как катионы, так и анионы - эксклюзионная хроматография на полужестких гелях, например, на Сефадексе G10 или его более современных аналогах.
В свое время мне этим методом удавалось неплохо освободиться от ионов солей в растворах пептидов с ММ 3000 - 18000 Дальтон.

Сядут нуклеотиды на ИДК замечатено... хелатная ЖХ - вообще один из видов аффинной...
Скорее, можно обессолить просто на картридже с обращенкой, это, к тому же, на порядок легче, чем гель форез

randle
Пользователь
Ранг: 5

16.11.2003 // 16:11:24

Наверное, я не до конца объяснил.. мне от металлов нужно было избавиться, чтобы осаждать удобнее было перед форезом.. Итоговая цель - форез, высушивание геля ну и радиоавтография..
Спасибо за помощь, проблема решилась сама собою..

Леонид
VIP Member
Ранг: 5266

17.11.2003 // 9:49:32

КонстантинС пишет:

Сядут нуклеотиды на ИДК замечатено... хелатная ЖХ - вообще один из видов аффинной...
Скорее, можно обессолить просто на картридже с обращенкой, это, к тому же, на порядок легче, чем гель форез
Может быть и сядут, не пробовал, но пуриновые основания у меня в кислой среде на ИДК не садились, а это - соединения родственные нуклеотидам.


Ответов в этой теме: 9	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты